Catégorie : Bio-informatique

Industrialiser ses analyses bio-informatiques grâce à la prestation

La bio-informatique est devenue un pilier central de la recherche en sciences de la vie. Séquençage à haut débit, analyses multi-omiques, modélisation, intelligence artificielle appliquée aux données biologiques : les laboratoires produisent aujourd’hui des volumes de données sans précédent.
Pourtant, dans de nombreuses organisations, l’analyse bio-informatique reste encore artisanale, ponctuelle et difficilement reproductible.

C’est ici qu’intervient un enjeu clé : l’industrialisation des analyses bio-informatiques. Et dans ce contexte, la prestation bio-informatique joue un rôle stratégique.

1. Pourquoi les analyses bio-informatiques restent souvent non industrialisées

Dans beaucoup de laboratoires, les analyses bio-informatiques reposent sur :

des scripts développés pour un projet précis,
des pipelines peu documentés,
des environnements techniques hétérogènes,
et une forte dépendance à quelques experts clés.

Ce fonctionnement peut suffire à court terme. Mais il montre rapidement ses limites lorsque :

les projets se multiplient,
les volumes de données augmentent,
les équipes changent,
ou que les résultats doivent être reproduits, audités ou transférés vers l’industrie.

Sans industrialisation, chaque nouvelle analyse devient un nouveau projet, avec son lot de délais, de risques et de dépendances humaines.

2. Qu’entend-on par “industrialiser” la bio-informatique ?

Industrialiser les analyses bio-informatiques ne signifie pas les rendre rigides ou standardisées à l’extrême.
Il s’agit avant tout de structurer, fiabiliser et rendre réutilisables les processus d’analyse.

Cela implique notamment :

des pipelines reproductibles et versionnés,
une documentation claire des méthodes et paramètres,
des environnements d’exécution maîtrisés,
une automatisation des analyses récurrentes,
et une meilleure accessibilité des résultats pour les équipes scientifiques.

L’objectif est simple : passer d’une bio-informatique artisanale à une bio-informatique robuste, scalable et durable.

3. Le rôle clé de la prestation bio-informatique dans cette industrialisation

Les prestations bio-informatiques modernes ne se limitent plus à produire des résultats. Elles accompagnent les organisations dans la structuration de leur chaîne d’analyse.

Un prestataire expérimenté intervient sur plusieurs dimensions :

a. Cadrage des besoins et des usages

Avant toute ligne de code, la prestation commence par comprendre :

le contexte expérimental,
les types de données produites,
les décisions scientifiques attendues,
et les contraintes réglementaires ou industrielles.

Ce cadrage est essentiel pour construire des pipelines réellement utiles et exploitables.

b. Conception de pipelines robustes et reproductibles

Les prestataires apportent des bonnes pratiques issues de nombreux projets :

standardisation des workflows,
gestion des versions,
tests et contrôles de qualité,
séparation claire entre données, code et résultats.

Ces pipelines deviennent alors des briques réutilisables, et non des scripts jetables.

c. Automatisation et montée en charge

L’industrialisation passe aussi par l’automatisation :

analyses lancées de manière reproductible,
réduction des interventions manuelles,
capacité à traiter plus de données sans effort supplémentaire.

La prestation permet de mettre en place des environnements capables de monter en charge, sur infrastructure locale ou cloud.

4. De la prestation ponctuelle à un socle durable

L’un des écueils fréquents des prestations bio-informatiques est l’effet “boîte noire” :
des résultats livrés, mais peu de visibilité sur les méthodes, et une faible réutilisation dans le temps.

Les approches les plus efficaces visent au contraire à capitaliser sur la prestation :

documentation des pipelines,
transfert de compétences,
mise à disposition d’outils utilisables par les équipes internes,
intégration dans l’écosystème existant (LIMS, ELN, plateformes data).

Ainsi, chaque prestation renforce le socle bio-informatique de l’entreprise, au lieu de repartir de zéro à chaque projet.

5. Rendre l’analyse accessible aux équipes scientifiques

Industrialiser la bio-informatique, ce n’est pas seulement optimiser la technique.
C’est aussi réduire la distance entre les données et les scientifiques.

Grâce à des pipelines bien conçus et des interfaces adaptées, les chercheurs peuvent :

explorer les résultats plus rapidement,
comprendre les hypothèses et limites des analyses,
itérer plus facilement avec les bio-informaticiens.

La prestation devient alors un outil de fluidification, et non un goulot d’étranglement.

6. Un levier stratégique pour les entreprises biotech et pharma

Pour les startups, PME et laboratoires industriels, la prestation bio-informatique est souvent la seule manière réaliste d’industrialiser rapidement leurs analyses, sans recruter une équipe complète en interne.

Elle permet :

d’accélérer les cycles R&D,
de sécuriser la reproductibilité et la conformité,
de mieux valoriser les données produites,
et de préparer le passage à l’échelle industrielle.

Dans un environnement concurrentiel, cette capacité à transformer l’analyse en un processus maîtrisé devient un avantage compétitif majeur.

Conclusion : industrialiser pour mieux innover

L’industrialisation des analyses bio-informatiques n’est plus un luxe réservé aux grands groupes. Elle devient une nécessité pour toute organisation qui souhaite exploiter pleinement la valeur de ses données biologiques.

En s’appuyant sur des prestations bio-informatiques structurantes, les laboratoires peuvent dépasser la logique de l’analyse ponctuelle pour construire des workflows robustes, durables et orientés décision.

La bio-informatique ne doit plus être un frein ou une dépendance critique.
Elle doit devenir un moteur d’innovation, au service de la science et de la performance.

Prestations en bio-informatique : passer de l’analyse de données à la prise de décision scientifique

La bio-informatique est aujourd’hui au cœur des activités de recherche en sciences de la vie. Génération de données omiques, séquençage à haut débit, analyses multi-paramétriques : les volumes et la complexité des données explosent. Pourtant, dans de nombreuses organisations, la vraie difficulté ne réside plus dans la production des données, mais dans leur exploitation opérationnelle et stratégique.

C’est précisément à ce niveau que les prestations en bio-informatique prennent toute leur valeur.

Un goulot d’étranglement plus organisationnel que technologique

Dans de nombreuses entreprises biotech, pharmaceutiques ou laboratoires de recherche, les équipes font face à un paradoxe :

les données sont disponibles,
les outils existent,
mais l’accès à l’analyse reste limité à quelques profils experts.

La dépendance à des bio-informaticiens spécialisés, souvent rares et très sollicités, crée des délais importants entre la production des données et leur interprétation. Les équipes expérimentales doivent attendre des résultats, reformuler leurs demandes, parfois sans comprendre pleinement les contraintes techniques sous-jacentes. Résultat : perte de temps, friction interne et ralentissement des projets de R&D.

Les prestations en bio-informatique comme levier de fluidification

Les prestations en bio-informatique modernes ne se limitent plus à exécuter des pipelines ou à produire des rapports d’analyse. Elles visent désormais à structurer les données, industrialiser les workflows et rendre l’analyse plus accessible aux équipes scientifiques.

Elles interviennent notamment pour :

concevoir des pipelines reproductibles et documentés,
structurer et normaliser les données issues de différents projets ou plateformes,
automatiser les analyses récurrentes,
mettre en place des environnements permettant aux scientifiques d’explorer eux-mêmes leurs données.

L’objectif n’est plus seulement de produire une analyse ponctuelle, mais de créer un cadre durable permettant aux équipes de gagner en autonomie.

De la prestation ponctuelle à l’outillage des équipes

Une tendance forte du marché consiste à faire évoluer les prestations de bio-informatique vers des approches hybrides : expertise + outillage.
Plutôt que de multiplier les analyses sur mesure, les entreprises cherchent à capitaliser sur les travaux réalisés pour créer des outils réutilisables, adaptés à leurs cas d’usage spécifiques.

Cela permet :

de réduire la dépendance à des prestataires externes sur le long terme,
d’accélérer les cycles d’analyse,
de mieux valoriser les données produites,
et de faciliter la collaboration entre bio-informaticiens, chercheurs et managers R&D.

Un enjeu clé : relier données, contexte expérimental et décisions

L’un des points faibles historiques des prestations en bio-informatique réside dans la fragmentation des informations :
les données brutes sont analysées d’un côté, tandis que le contexte expérimental, les hypothèses et les décisions sont documentés ailleurs.

Les approches les plus avancées cherchent désormais à reconnecter les données analysées avec leur contexte scientifique, afin que les résultats soient directement exploitables pour orienter les choix expérimentaux, prioriser des pistes ou ajuster des stratégies de développement.

Vers une bio-informatique plus accessible et plus stratégique

À mesure que les volumes de données continuent de croître, la valeur ne réside plus uniquement dans la capacité à analyser, mais dans la capacité à transformer rapidement l’analyse en décision. Les prestations en bio-informatique évoluent ainsi vers des modèles plus structurants, où l’expertise technique s’accompagne d’une réflexion sur les usages, les workflows et la collaboration.

C’est dans cette logique que s’inscrivent aujourd’hui les nouvelles plateformes et solutions no-code dédiées aux sciences de la vie : elles prolongent le travail des bio-informaticiens en rendant leurs analyses plus accessibles, traçables et réutilisables par l’ensemble des équipes R&D.

L’approche Infobioco : co-construire des solutions bio-informatiques utiles et durables

Chez Infobioco, les prestations en bio-informatique sont conçues comme une collaboration étroite avec les équipes scientifiques, dès les premières phases du projet. L’objectif n’est pas uniquement de produire une analyse, mais de comprendre le contexte expérimental, les contraintes métiers et les décisions attendues en aval. Chaque mission débute par un travail de cadrage, visant à aligner les besoins scientifiques, les données disponibles et les usages futurs des résultats. Les bio-informaticiens d’Infobioco travaillent ainsi au plus près des chercheurs, chefs de projet et responsables R&D, en privilégiant des échanges réguliers et une documentation claire des pipelines et des choix méthodologiques.

Cette approche permet de livrer non seulement des résultats interprétables, mais aussi des workflows reproductibles, évolutifs et réutilisables, capables de s’inscrire dans la durée. En plaçant la compréhension métier et le transfert de compétences au cœur des prestations, Infobioco aide ses clients à gagner en autonomie, à fluidifier leurs processus d’analyse et à transformer plus efficacement leurs données en décisions scientifiques.

La prestation bio-informatique : l’alliance invisible entre la donnée et la découverte

Dans un monde scientifique où la donnée est devenue la nouvelle matière première, la prestation bio-informatique s’impose aujourd’hui comme le cœur battant de la recherche en biologie, chimie, et santé. En effet, la recherche de bio-informaticiens compétents est un challenge pour les entreprises qui font de plus en plus appel à des prestataires pour garantir une expertise et une flexibilité sur les projets.

De la donnée brute à la connaissance : le rôle clé de la prestation bio-informatique

Chaque expérience en biologie moléculaire, chaque séquençage, chaque analyse multi-omique produit des téraoctets de données. Ces données, souvent stockées dans des silos informatiques, recèlent des informations cruciales… mais elles ne valent rien sans la capacité de les analyser, de les structurer et de les interpréter. C’est ici que les prestataires bio-informatiques entrent en scène.

Leur mission ne se limite plus à exécuter des pipelines d’analyse. Ainsi, ils conçoivent des architectures de données sur mesure, construisent des workflows reproductibles, et traduisent les résultats en insights scientifiques concrets. Ils deviennent les traducteurs entre la complexité biologique et la puissance des algorithmes, entre le chercheur et la machine.

Un levier d’agilité pour les laboratoires et les entreprises

Le recours à une prestation bio-informatique représente avant tout une solution d’agilité. Les startups biotech et les PME du secteur des sciences de la vie n’ont pas toujours les moyens d’embaucher un bio-informaticien senior, ni de maintenir une infrastructure coûteuse pour le stockage et le traitement des données.

En externalisant leurs besoins bio-informatiques, elles accèdent à :

Des experts multidisciplinaires (bio-informaticiens, data scientists, statisticiens, ingénieurs logiciels) ;
Des technologies de pointe (cloud computing, IA appliquée à la biologie, pipelines d’analyse NGS ou protéomiques) ;
Et surtout, à une capacité de montée en charge flexible selon leurs projets.

Cette externalisation n’est plus un simple choix économique : c’est un avantage concurrentiel. En effet, elle permet de lancer des programmes R&D plus rapidement, de valider des hypothèses expérimentales sans délais techniques, et de réduire les cycles de développement dans des domaines très compétitifs comme la génomique, la cosmétique ou la santé animale.

La prestation bio-informatique comme service d’innovation

Les prestataires bio-informatiques d’aujourd’hui ne sont plus de simples exécutants de scripts. Ils co-créent avec les chercheurs. Ils adaptent les algorithmes à la biologie spécifique d’un client, développent des outils de visualisation sur mesure, et contribuent à la prise de décision scientifique.

Par ailleurs, cette nouvelle génération de prestataires agit comme des architectes de la donnée scientifique. Leur travail dépasse la simple exécution technique : ils conçoivent des écosystèmes de données durables, interconnectés, reproductibles et exploitables dans le temps.
Ils participent à ce que l’on pourrait appeler la durabilité numérique de la recherche — la capacité à rejouer, auditer et capitaliser sur les résultats passés.

L’essor de la prestation “as a service” : quand la science devient modulaire

L’évolution du cloud et des outils no-code a permis de démocratiser l’accès à la bio-informatique. Aujourd’hui, de nombreuses prestations s’appuient sur une approche “Bioinformatics-as-a-Service” (BaaS).
En effet, cela signifie que les laboratoires peuvent commander, exécuter et suivre leurs analyses via des plateformes web, tout en conservant un accompagnement humain et scientifique.

Par ailleurs, cette modularité permet de choisir uniquement les briques nécessaires : pipeline RNA-seq, annotation génomique, analyse de métabolites, ou intégration multi-omique complète. Le tout avec un suivi en temps réel, une traçabilité complète et une sécurité des données conforme aux standards du secteur.

Vers une bio-informatique accessible, collaborative et souveraine

Un autre enjeu majeur des prestations bio-informatiques réside dans la souveraineté des données scientifiques.
Les entreprises européennes, notamment dans la pharma et la biotech, prennent conscience de l’importance de maîtriser leurs données sensibles et leurs pipelines d’analyse. Les prestataires locaux deviennent ainsi des partenaires stratégiques, combinant excellence technique et respect des exigences réglementaires (RGPD, confidentialité, reproductibilité).

De plus, la bio-informatique devient un territoire de collaboration. Les prestataires travaillent main dans la main avec des équipes de recherche, des développeurs, et des institutions publiques. Ensemble, ils construisent des infrastructures de données partagées, des bibliothèques de séquences ou des atlas cellulaires accessibles à la communauté scientifique.

Un futur centré sur la valeur scientifique et non la complexité technique

L’avenir de la prestation bio-informatique réside dans sa capacité à rendre la science plus fluide. En déchargeant les chercheurs de la complexité logicielle et de la maintenance des systèmes, elle leur rend du temps et de la clarté.
Les prestataires deviennent ainsi des accélérateurs d’innovation, des catalyseurs de découvertes et des garants de la qualité scientifique.

À terme, la frontière entre prestataire et partenaire scientifique s’estompe : les prestataires bio-informatiques ne sont plus des sous-traitants, mais des alliés stratégiques pour la recherche du futur.

Conclusion : la science a besoin d’artisans de la donnée

Dans un monde où les laboratoires croulent sous les données, la prestation bio-informatique n’est pas un luxe, mais une nécessité.
Elle ne remplace pas la science — elle la propulse.
Elle ne crée pas les découvertes — elle les rend possibles.

En reliant la puissance des algorithmes à l’intelligence humaine, les prestataires bio-informatiques construisent les ponts invisibles entre la donnée et la découverte.
Et dans cette alliance subtile, se dessine déjà la nouvelle ère de la recherche : une science augmentée par la donnée, mais guidée par la connaissance.

Engager un prestataire bio-informatique vs recruter un bio-informaticien : quelle stratégie adopter ?

Engager un bio-informaticien ou un prestataire bio-informatique

Engager un prestataire bio-informatique vs recruter un bio-informaticien : quelle stratégie adopter ?

Dans un contexte où la bio-informatique est devenue un pilier central de la recherche en sciences du vivant, de nombreuses entreprises — qu’elles opèrent en biotechnologie, en santé, en chimie ou en pharmaceutique — doivent faire un choix stratégique majeur.
Ce choix est simple dans sa formulation, mais complexe dans ses implications : recruter un bio-informaticien en interne ou faire appel à un prestataire spécialisé ?

Bien entendu, il n’existe pas de réponse unique. Chaque option présente des avantages, des limites et surtout des impacts directs sur la productivité, l’organisation et la capacité d’innovation des équipes scientifiques. Le choix dépend donc avant tout de la structure de l’entreprise, de ses besoins, de ses projets et de sa vision.

1. Recruter un bio-informaticien en interne : autonomie et expertise intégrée

Choisir de recruter un bio-informaticien en interne offre une forme de stabilité. C’est une stratégie qui convient particulièrement aux organisations souhaitant développer une expertise durable et centralisée.

✔ Avantages

Une maîtrise totale des données et des processus
Un bio-informaticien interne travaille exclusivement sur vos projets. Il connaît vos contraintes, vos modèles biologiques et vos outils. Progressivement, il acquiert une compréhension fine du contexte scientifique et technique, ce qui garantit une forte cohérence dans les analyses.

Une confidentialité renforcée
Dans certains environnements réglementés — pharma, dispositifs médicaux, santé — garder les données en interne est rassurant. Toutes les étapes des workflows restent sous contrôle, ce qui réduit les risques liés au transfert ou au stockage externe.

Une continuité scientifique et une culture commune
Le bio-informaticien s’intègre aux équipes R&D, s’imprègne de leur méthodologie et contribue au développement d’outils sur mesure. À long terme, il devient un véritable moteur d’innovation interne.

✘ Limites

Un coût élevé
Recruter un profil confirmé représente un investissement important : salaire, matériel de calcul, licences, formation continue, veille technologique…

Un recrutement difficile
Le marché est très tendu. Les profils sont rares et souvent attirés par de grands groupes ou des instituts académiques prestigieux.

Une capacité limitée
Même très compétent, un seul bio-informaticien ne peut pas couvrir tous les domaines : NGS, transcriptomique, métabolomique, data engineering, statistiques avancées, développement logiciel…

Ainsi, l’embauche interne est pertinente, mais elle peut rapidement devenir une contrainte pour les structures en croissance rapide ou aux besoins variables.

2. Engager un prestataire bio-informatique : flexibilité et expertise à la demande

À l’inverse, faire appel à un prestataire apporte de la modularité et un accès immédiat à un niveau d’expertise difficile à réunir en interne.

✔ Avantages

Une expertise diversifiée et immédiatement disponible
Les prestataires spécialisés regroupent des compétences variées : bio-informaticiens, data scientists, développeurs, ingénieurs cloud, statisticiens…
Ainsi, ils peuvent intervenir sur des projets complexes ou multi-omiques sans ralentissement.

Un gain de temps significatif
Les outils, pipelines, infrastructures ou environnements d’analyse sont déjà prêts. Cela accélère la mise en place des projets et réduit les phases d’exploration technique.

Une flexibilité budgétaire
Vous ne payez que ce que vous utilisez : analyses, développement, support, intégration logicielle…
C’est particulièrement intéressant pour les start-up ou les équipes en phase d’exploration.

Une montée en compétence des équipes internes
Les prestataires agissent également comme partenaires technologiques. Ils transmettent leurs connaissances, documentent les pipelines et forment les équipes R&D.

✘ Limites

Une dépendance externe
La réussite dépend de la communication, de la clarté des besoins et de la qualité du partenaire.

Des questions de confidentialité
Même avec des protocoles stricts, certaines entreprises préfèrent conserver 100 % de leurs données en interne.

Une intégration parfois plus limitée
Selon le prestataire choisi, l’implication stratégique peut être variable si la collaboration n’est pas construite dans la durée.

3. Notre approche chez IBC : un partenaire scientifique et technologique, pas un simple prestataire

Chez IBC, nous pensons que la bio-informatique ne se réduit pas à une prestation technique. Elle doit s’intégrer dans les workflows scientifiques, soutenir la stratégie de recherche et accélérer la production de connaissances.

C’est pourquoi nous avons développé une approche collaborative, centrée sur :

✔ Une immersion dans vos workflows

Nous analysons vos protocoles, vos données, vos besoins réels et vos contraintes réglementaires.
Nous travaillons main dans la main avec vos équipes — chercheurs, ingénieurs qualité, responsables R&D — pour comprendre votre fonctionnement et proposer les solutions les plus adaptées.

✔ Une expertise complète et structurée

Nous combinons plusieurs compétences : bio-informatique, data science, développement logiciel, cloud, automatisation, intégration de données…
Cette pluridisciplinarité nous permet d’accompagner des projets très divers : pipelines omiques, ELN, LIMS, plateformes data, outils sur-mesure.

✔ Une vision long terme

Nous privilégions un modèle partenarial : formation des équipes, transfert de compétences, documentation complète, évolutivité.
Notre objectif est que vous soyez autonomes, tout en bénéficiant d’un soutien fiable et disponible.

✔ Une infrastructure et une méthodologie éprouvées

Nous utilisons des pipelines robustes, des standards de développement, des environnements sécurisés et des outils validés, pour assurer qualité, reproductibilité et conformité (GxP, RGPD,…).

Ainsi, nous intervenons comme une extension de vos équipes, avec une réelle compréhension scientifique et une capacité d’adaptation forte.
N’hésitez pas à nous contacter pour en discuter !

4. Vers un modèle hybride : trouver l’équilibre idéal

Finalement, de plus en plus d’entreprises adoptent une approche hybride :

un bio-informaticien interne pour la coordination scientifique,
un prestataire externe pour les analyses spécialisées, les projets complexes ou les pics d’activité.

Ce modèle offre une continuité scientifique interne, tout en profitant de l’agilité et de la puissance technologique des partenaires externes.

Conclusion : un choix stratégique avant tout

Le choix entre recruter un bio-informaticien ou faire appel à un prestataire dépend principalement :

de votre maturité technologique,
de la fréquence des analyses,
du volume de données générées,
de vos capacités d’investissement,
et de votre vision long terme.

Pour les start-up, scale-ups ou PME, commencer avec un prestataire bio-informatique est souvent la solution la plus agile pour tester, accélérer et itérer rapidement.
Lorsque les besoins se stabilisent, le recrutement interne devient alors un levier stratégique pour consolider l’expertise et pérenniser les connaissances.

Accompagner les entreprises Pharma, Biotech et Life Sciences dans leurs projets informatiques et bio-informatiques : un enjeu stratégique majeur

Accompagner les entreprises sur leurs projets informatiques et bio-informatiques

Dans l’industrie pharmaceutique, les biotechnologies et plus largement l’écosystème des sciences de la vie, les projets informatiques et les besoins en outils numériques n’ont jamais été aussi critiques. Entre l’essor de la recherche omique, l’explosion des volumes de données et la nécessité d’automatiser les processus scientifiques, les entreprises doivent s’appuyer sur des solutions informatiques robustes et adaptées pour rester compétitives. Pourtant, beaucoup d’acteurs – PME, start-up ou laboratoires établis – peinent à trouver des solutions flexibles, personnalisables et évolutives.

C’est dans ce contexte qu’un accompagnement spécialisé en développement informatique et bio-informatique devient essentiel.

1. Pourquoi les entreprises Life Sciences ont besoin d’un accompagnement dédié ?

Des données de plus en plus complexes

Génomique, transcriptomique, protéomique, criblage haut débit, cytométrie… Les laboratoires génèrent des données toujours plus volumineuses et hétérogènes. Leur gestion nécessite :

des infrastructures adaptées,
des workflows fiables,
des outils d’analyse avancés,
et des interfaces simples pour les équipes de recherche.

Sans accompagnement, les entreprises se retrouvent rapidement limitées par des outils génériques ou non intégrés.

Des compétences informatiques rares

Les profils de bio-informaticiens, data scientists spécialisés et développeurs orientés sciences du vivant sont particulièrement recherchés. Leur recrutement est coûteux et souvent inaccessible pour les PME et start-up.

Faire appel à un accompagnement externe permet :

de pallier ce manque de compétences,
de bénéficier d’experts spécialisés,
et d’accélérer les projets sans charge interne supplémentaire.

Une réglementation exigeante

Traçabilité, auditabilité, conformité réglementaire, sécurité des données… Les environnements pharma et biotech sont strictement encadrés.
Un accompagnement spécialisé garantit la mise en place de solutions répondant aux standards (GxP, ALCOA+, gestion des accès, archivage, etc.).

2. Quels types de projets peuvent être accompagnés ?

Développement de solutions sur-mesure

Applications de gestion d’expérimentations
Modules de suivi de lots, échantillons, machines
Workflows automatisés
Interfaces web internes pour les scientifiques

Projets de bio-informatique

Pipeline d’analyse omique (NGS, RNA-seq, métabolomique…)
Automatisation de traitements, analyses statistiques, visualisations
Intégration de données multi-sources
Mise en place de bases de données spécialisées

Outils collaboratifs et plateformes data

Cahiers de laboratoire électroniques (ELN)
LIMS personnalisés
Data lakes pour projets multi-sites
Solutions cloud sécurisées (SaaS ou infrastructure dédiée)

Modernisation et migration d’outils existants

Refonte de systèmes obsolètes
Migration vers des solutions cloud
Sécurisation et structuration des données historiques

3. Les bénéfices d’un accompagnement spécialisé

✔ Gain de temps et vitesse d’exécution

Les projets avancent plus vite, avec des méthodes éprouvées et un pilotage clair.

✔ Réduction des coûts

Plus besoin d’équipes informatiques complètes en interne : l’expertise est disponible à la demande.

✔ Adaptation totale aux besoins métier

Contrairement aux solutions génériques, les outils développés sont conçus selon la réalité des laboratoires et leurs processus internes.

✔ Meilleure exploitation des données

Les entreprises tirent enfin parti de leurs données scientifiques, souvent sous-utilisées faute d’outils adaptés.

✔ Conformité et sécurité assurées

Les solutions sont pensées pour répondre aux exigences réglementaires du secteur.

4. Un partenaire technologique, bien plus qu’un simple prestataire

L’objectif de cet accompagnement est d’intégrer les équipes R&D, d’échanger avec les scientifiques et de comprendre précisément leurs contraintes.
Un bon partenaire :

analyse les workflows existants,
identifie les points de friction,
conçoit des solutions pragmatiques,
forme les équipes,
et reste disponible pour faire évoluer les outils.

Il devient un relais stratégique pour la transformation numérique des entreprises life sciences.

Découvrez aussi Olympeis : le cahier de laboratoire numérique qui accompagne les laboratoires dans le suivi de leurs recherches, analyses et production

Chez IBC, nous accompagnons également les entreprises et les laboratoires sur le suivi de leur activité de laboratoire. Pour cela nous avons conçu la solution Olympeis comme bien plus qu’un simple cahier de laboratoire électronique : c’est une véritable plateforme collaborative, sécurisée et intuitive, destinée à transformer la façon dont les laboratoires documentent, partagent et valorisent leurs travaux.

Organisation structurée
Olympeis centralise toutes vos expérimentations, protocoles et résultats dans un même espace numérique. Grâce à son interface intuitive et sa recherche avancée, vous retrouverez rapidement vos données clés, sans perte d’information et avec un gain d’efficacité notable.

Collaboration sécurisée
Travailler à plusieurs n’a jamais été aussi fluide : Olympeis intègre un système de gestion des rôles et permissions, un espace d’annotations partagées et un partage instantané des résultats. Vos équipes R&D peuvent collaborer sans échange d’email dispersé, tout en gardant le contrôle total de leurs données.

Sécurité, traçabilité et conformité
Parce que vos données scientifiques sont un actif stratégique, Olympeis garantit une traçabilité complète : audit-trail, historique des actions, hébergement en France, conformité RGPD et normes pharmaceutiques (comme la FDA 21 CFR Part 11). Les modifications sont enregistrées, les accès sont sécurisés, et la confidentialité est assurée.

En combinant ces trois piliers — organisation, collaboration et conformité — Olympeis permet à vos équipes de passer de la paillasse au cloud avec sérénité. Le tout dans un environnement pensé pour les laboratoires modernes : agile, flexible et orienté résultats.

Conclusion : un atout indispensable pour les entreprises innovantes

Dans un secteur où la donnée scientifique devient un asset stratégique, l’accompagnement informatique et bio-informatique n’est plus une option : c’est une nécessité. Il permet aux entreprises pharma, biotech et life sciences de gagner en efficacité, réduire leurs coûts, sécuriser leurs opérations et accélérer leurs innovations.

Les acteurs qui sauront s’appuyer sur des partenaires spécialisés seront ceux qui tireront le meilleur parti de la révolution digitale en cours dans les sciences du vivant.

Nous vous accompagnerons avec grand plaisir sur vos projets de développement, n’hésitez pas à nous contacter sur cette page.

Comment nous collaborons avec nos clients pour accélérer leurs projets en bio-informatique

Introduction : la force de la collaboration en bio-informatique

Chez IBC (Infobioco), nous sommes convaincus que l’innovation scientifique repose sur la collaboration entre experts.
Les projets en bio-informatique impliquent souvent des défis complexes — volumes massifs de données, diversité des technologies, besoins en calcul haute performance — qui nécessitent une approche à la fois technique, agile et sur mesure.

C’est pourquoi nous travaillons main dans la main avec nos clients et partenaires pour concevoir, développer et déployer des solutions bio-informatiques robustes et adaptées à leurs besoins réels.

Pourquoi choisir un partenaire en bio-informatique comme IBC ?

Faire appel à IBC, c’est bénéficier d’un accompagnement complet pour transformer vos données biologiques en informations exploitables et fiables.
Nos clients — laboratoires académiques, entreprises biotech, pharma ou agroalimentaires — nous font confiance pour :

🔬 Notre expertise scientifique : notre équipe combine compétences en biologie computationnelle, statistiques et développement logiciel.
⚙️ Notre maîtrise technologique : nous développons et intégrons des pipelines bio-informatiques performants, reproductibles et sécurisés.
⏱️ Notre flexibilité opérationnelle : nous adaptons nos méthodes et outils à votre environnement et à vos contraintes.
💡 Notre approche collaborative : chaque projet est co-construit avec vos équipes, dans un esprit de transparence et d’efficacité.

Notre mission : vous aider à tirer le meilleur parti de vos données, que ce soit pour la recherche, la production ou l’innovation industrielle.

Notre approche de collaboration

Chaque partenariat est unique, mais notre méthode repose sur une démarche structurée et agile :

1. Comprendre vos besoins et vos objectifs

Nous commençons par un diagnostic approfondi de votre projet : type de données, objectifs scientifiques, contraintes techniques ou réglementaires.
Cette étape nous permet de définir une feuille de route claire et réaliste.

2. Co-concevoir les outils et les workflows

Nos ingénieurs et bio-informaticiens développent des solutions sur mesure : pipelines d’analyse, automatisation, visualisation de données, intégration logicielle, etc.
Nous privilégions les technologies interopérables et évolutives, afin que votre infrastructure reste pérenne dans le temps.

3. Assurer un suivi et une amélioration continue

Chez IBC, la collaboration ne s’arrête pas à la livraison.
Nous assurons un accompagnement technique continu, avec suivi des performances, mise à jour des outils et support scientifique selon vos besoins.

Exemples de collaborations réussies

Nos partenariats s’étendent sur divers domaines :

🧬 Analyse génomique et métagénomique pour des projets de recherche et développement.
🧠 Déploiement de solutions d’IA et de machine learning appliquées à la biologie.
🧪 Mise en place de plateformes bio-informatiques sur mesure pour des structures académiques et industrielles.
📊 Optimisation de workflows et gestion de données scientifiques pour améliorer la productivité des équipes R&D.

Ces expériences nous ont permis de bâtir une expertise solide en accompagnement technique et scientifique, tout en restant à l’écoute des enjeux spécifiques de chaque client.

Une collaboration fondée sur la confiance et la transparence

Notre philosophie repose sur la transparence, la communication et la co-création.
Chaque partenariat avec IBC se veut une relation durable, basée sur le partage de connaissances, l’efficacité et la rigueur scientifique.

Nous croyons qu’une bonne bio-informatique, c’est avant tout une bonne collaboration.

Vous cherchez un partenaire en bio-informatique ?

Que vous soyez une start-up biotech, un laboratoire académique, ou une entreprise pharmaceutique, notre équipe peut vous accompagner à chaque étape :
de la conception des pipelines jusqu’à la mise en production de solutions analytiques performantes.

📩 Contactez-nous pour discuter de votre projet et découvrir comment IBC peut vous aider à accélérer vos analyses bio-informatiques.

🧠 Olympeis : notre solution numérique au service de la bio-informatique collaborative

En complément de nos services de bio-informatique, IBC développe Olympeis, une plateforme numérique complète dédiée à la gestion et à la traçabilité des projets scientifiques.
Conçue pour les laboratoires, équipes R&D et entreprises du secteur des sciences de la vie, Olympeis centralise l’ensemble des informations expérimentales, des données bio-informatiques et des ressources de recherche au sein d’un environnement collaboratif et sécurisé.

Grâce à Olympeis, nos clients peuvent :

🔍 Suivre et documenter leurs projets de recherche en temps réel ;
📈 Structurer leurs données pour améliorer la reproductibilité et la qualité scientifique ;
🧬 Connecter leurs outils et pipelines bio-informatiques pour un flux de travail fluide et intégré ;
🤝 Favoriser la collaboration entre chercheurs, bio-informaticiens et ingénieurs grâce à une interface claire et intuitive.

Olympeis incarne notre vision : simplifier le quotidien des équipes scientifiques tout en renforçant la rigueur et l’efficacité des analyses bio-informatiques.

Engager un bio-informaticien ou faire appel à une entreprise spécialisée en Bio-Informatique ?

Avantages et inconvénients de l’externalisation

Dans un contexte où les données biologiques explosent et nécessitent des analyses toujours plus complexes, la bio-informatique devient un pilier stratégique dans les entreprises des sciences de la vie. Une question cruciale se pose alors : faut-il recruter un bio-informaticien en interne ou collaborer avec une entreprise bio-informatique spécialisée ? Voici une analyse des deux approches.

👨‍🔬 Recruter un bio-informaticien en interne

✅ Avantages

Maîtrise des compétences en continu : Une ressource dédiée qui comprend vos projets, vos contraintes, et vos outils internes.
Intégration au quotidien : Communication fluide avec les équipes de recherche, réactivité et compréhension de la culture du laboratoire.
Développement sur le long terme : L’informaticien peut évoluer avec l’entreprise, faire évoluer les outils internes de manière continue.

⚠️ Inconvénients

Pénurie de profils expérimentés : Recruter un bon bio-informaticien reste un défi, notamment en région.
Coût élevé : Salaire, formation continue, équipement, supervision… un recrutement engage des ressources importantes.
Dépendance : En cas de départ, la perte de compétence peut ralentir fortement les projets.

🏢 Collaborer avec une entreprise spécialisée en bio-informatique

✅ Avantages

Expertise multi-projets : Des entreprises comme Informatics for Bio-Companies travaillent avec de nombreuses structures (biotech, pharma, laboratoires publics…) et apportent des méthodologies éprouvées.
Accès à une équipe complète : Développeurs, data scientists, architectes logiciels, chefs de projets… une richesse de profils difficile à réunir en interne.
Flexibilité : Pas de charges fixes, pas d’engagement long terme. Vous activez des ressources selon vos besoins.
Démarrage rapide : Pas de période de recrutement ni de formation nécessaire.

⚠️ Inconvénients

Moins d’ancrage interne : Même avec un accompagnement dédié, l’équipe reste extérieure à votre structure.
Nécessité d’un bon cahier des charges : Il faut clarifier vos besoins pour éviter les malentendus ou les pertes de temps.
Budget ponctuel : Le coût peut être élevé à court terme, même si rentable à moyen-long terme.

🧩 Externalisation ou recrutement : une question de stade de maturité

Jeune biotech ou laboratoire en croissance : L’externalisation est souvent la meilleure option pour avancer vite sans s’engager dans des recrutements prématurés.
Organisation structurée avec des besoins récurrents : Un recrutement en interne peut venir compléter une collaboration avec un prestataire externe, notamment pour la maintenance ou la gestion quotidienne.

🔬 Ce que nous proposons chez Informatics for Bio-Companies

Depuis 2016, nous accompagnons les acteurs des sciences de la vie à chaque étape de leurs projets informatiques :

Développement d’outils de visualisation de données
Automatisation de rapports d’analyse
Interfaces intuitives pour les biologistes
ELN (cahier de laboratoire digitalisé)
Outils d’aide à la décision
Gestion de planning, stocks, équipements

Notre force : comprendre vos besoins scientifiques, traduire en solutions robustes et évolutives.

🤝 Les spécificités d’une collaboration avec Informatics for Bio-Companies

Travailler avec Informatics for Bio-Companies, c’est bien plus qu’une simple prestation technique. Nous privilégions une approche collaborative et scientifique, où chaque projet est construit main dans la main avec vos équipes de recherche.
Notre accompagnement se distingue par plusieurs points clés :

Immersion dans votre contexte scientifique : avant toute ligne de code, nous prenons le temps de comprendre vos protocoles, vos contraintes et vos enjeux métiers. Notre product owner prend le temps au cours d’une réunion de faire le point sur vos enjeux de développements et peut vous aider à construire un cahier des charges pertinent.
Méthodologie agile et transparente : nos projets avancent par itérations courtes. Nous réalisons des démos régulières et des points d’échange pour garantir une parfaite adéquation avec vos attentes.
Durabilité et transfert de compétences : nous développons des solutions pérennes, documentées et maintenables. Nos clients conservent la maîtrise de leurs outils et peuvent les faire évoluer en interne.
Sécurité et conformité : nos infrastructures et nos processus respectent les standards exigés dans le domaine des sciences de la vie (RGPD, traçabilité, intégrité des données).

En somme, notre objectif est de devenir un partenaire technique et scientifique, pas simplement un prestataire externe.

🧬 Les acteurs que nous accompagnons

Depuis plusieurs années, Informatics for Bio-Companies collabore avec une grande diversité d’organisations du secteur des sciences de la vie :

Startups et jeunes biotechs : nous les aidons à poser des bases solides pour leurs outils de R&D et accélérer leur développement sans attendre des recrutements complexes.
Laboratoires académiques et publics : nous concevons des plateformes sur mesure pour la gestion des expériences, la structuration des données et la valorisation des résultats scientifiques.
PME et grands groupes pharmaceutiques : nous intervenons sur des projets spécifiques d’automatisation, d’analyse de données ou de digitalisation des processus internes.

Notre approche est toujours adaptée à la maturité technologique et organisationnelle de nos clients — que vous soyez en phase de création, de croissance ou de structuration.

👥 Une collaboration naturelle avec vos équipes internes et vos propres bio-informaticiens

Nos équipes travaillent régulièrement en étroite coordination avec les bio-informaticiens, chercheurs et ingénieurs déjà présents dans les structures partenaires.

Cette complémentarité permet de :

renforcer la capacité de développement sur des projets ambitieux,
accélérer la mise en production des solutions,
et assurer un transfert de compétences fluide entre nos équipes et les vôtres.

Que vous disposiez déjà d’une équipe interne ou non, notre objectif reste le même : améliorer vos outils et vos processus pour que la technologie serve pleinement la recherche.

🎯 Conclusion

Le choix entre recruter un bio-informaticien ou travailler avec une entreprise spécialisée dépend de votre organisation, de vos ressources et de vos objectifs. De nombreuses entreprises choisissent un modèle hybride, en combinant les deux approches pour tirer le meilleur parti des compétences internes et de l’expertise externe.

Souhaitez-vous échanger sur vos projets et voir comment nous pourrions vous accompagner ?
👉 Contactez-nous ici : https://infobioco.com/contact/

🧬 Entreprise bio-informatique : Informatics for Bio-Companies, spécialiste du développement sur mesure pour les sciences de la vie

Vous recherchez une entreprise bio-informatique capable de développer des solutions logicielles adaptées aux besoins spécifiques de votre laboratoire, startup biotech ou entreprise des sciences de la vie ?
Informatics for Bio-Companies est un prestataire bio-informatique spécialisé dans la création d’outils informatiques sur mesure pour les acteurs de la recherche, de la biotechnologie, de la pharma, de l’agronomie ou des CRO.

👨‍🔬 Pourquoi faire appel à une entreprise spécialisée en bio-informatique sur mesure ?

La bio-informatique est aujourd’hui au cœur de l’innovation scientifique. Cependant, les solutions standards ne répondent pas toujours aux besoins spécifiques des équipes scientifiques (en savoir plus sur la bioinformatique par ici ou sur la page wiki du domaine). C’est là qu’intervient une entreprise bio-informatique comme la nôtre.

Nous accompagnons nos clients pour :

Automatiser des processus expérimentaux ou d’analyse.
Concevoir des outils internes parfaitement adaptés à leurs flux.
Centraliser et fiabiliser la gestion des données scientifiques.
Gagner en efficacité tout en renforçant la traçabilité.

Notre mission : transformer vos idées ou vos processus en applications concrètes, utiles et robustes.

🧬 Qui sommes-nous ?

Informatics for Bio-Companies : une aventure au service de la bio-informatique

Fondée en 2016 par deux bio-informaticiens passionnés, Dorian Lombard et Alexandre Carre, Informatics for Bio-Companies est née d’un constat simple mais ambitieux : les entreprises des sciences de la vie — biotech, pharma, laboratoires publics ou privés — ont des besoins spécifiques en matière d’outils informatiques. Et ces besoins nécessitent des solutions sur mesure, robustes et évolutives.

C’est en sortie d’études, à la croisée entre la recherche scientifique et l’ingénierie logicielle, que Dorian et Alexandre ont décidé de créer une entreprise à leur image : scientifique dans l’ADN, agile dans l’approche.

🚀 Une entreprise ancrée dans un écosystème d’innovation

Installée depuis ses débuts à Grasse, au cœur du pôle start-up Innovagrasse, l’entreprise bénéficie d’un environnement stimulant, entourée d’acteurs innovants dans les secteurs de la biologie, de la santé et de l’agronomie. Ce choix d’implantation reflète notre volonté de rester proches des laboratoires et des entreprises que nous accompagnons, tout en gardant une taille humaine et réactive.

🧠 Une philosophie claire : allier expertise scientifique et excellence technique

Notre métier ? Traduire vos problématiques scientifiques en solutions informatiques concrètes et performantes.

Nous croyons que la bio-informatique ne doit pas être un frein, mais un levier pour la recherche, la qualité ou la production. C’est pourquoi nous travaillons main dans la main avec les équipes terrain — chercheurs, responsables qualité, ingénieurs R&D — pour développer des outils adaptés à leur quotidien, à leurs contraintes, et à leur vocabulaire métier.

Notre approche se veut :

Sur mesure : chaque projet est unique, chaque solution l’est aussi.
Collaborative : nos clients sont de véritables partenaires dans la co-construction des outils.
Durable : nous privilégions des solutions maintenables, évolutives, documentées.
Sécurisée : la donnée scientifique est précieuse — nous la traitons comme telle.

⚙️ Nos services de bio-informatique sur mesure

Nous proposons un accompagnement complet en tant que prestataire bio-informatique (en savoir plus dans la section Nos Services) :

🔧 Développement d’outils et plateformes bio-informatiques personnalisés

Applications web de gestion de données scientifiques
Tableaux de bord interactifs
Interfaces de visualisation (heatmaps, résultats d’expériences…)
Automatisation d’analyse ou de génération de documents

🧠 Algorithmes et aide à la décision

Développement d’outils d’aide à la décision pour les chercheurs
Intégration d’algorithmes métier et scientifiques
Traitement et structuration des données complexes

📋 Solutions complémentaires à un ELN ou LIMS

Ajout de modules de gestion de projets, stocks, planning des équipements
Développement de fonctionnalités spécifiques non disponibles sur le marché

🔍 Qui sont nos clients ?

Nous collaborons avec une grande diversité d’organisations dans le domaine des sciences de la vie :

Laboratoires publics (CNRS, INRAE, Inserm…)
Biotechs et startups DeepTech
Entreprises pharmaceutiques
Organismes de recherche privés et instituts
CRO et plateformes technologiques
Acteurs en agronomie ou cosmétique

Que vous soyez une structure académique, une entreprise en croissance ou un acteur industriel, nous adaptons notre accompagnement à votre réalité terrain.

💡 Exemples concrets de projets bio-informatiques réalisés

🔬 Outil pour la caractérisation d’anticorps thérapeutiques

Développé pour une biotech spécialisée, cet outil permet :

L’automatisation de heatmaps de mutations
La sélection rapide des mutations d’intérêt
La génération automatique des amorces pour l’expérimentation

📊 Plateforme de génération automatisée de rapports scientifiques

Créée pour un laboratoire académique, elle regroupe :

Import de fichiers issus d’instruments
Traitement automatisé des données
Génération de rapports PDF dans un format validé

🌱 Application de suivi et d’aide à la décision en agronomie

Développée pour une unité de recherche agronomique, cette solution permet :

Le suivi des cultures et des traitements
L’analyse visuelle de données environnementales
L’identification de recommandations sur mesure

🤝 Comment nous travaillons : une approche agile, adaptée au scientifique

Notre approche en 4 étapes :

Compréhension approfondie de votre métier
Nous parlons la langue des biologistes, biochimistes, ingénieurs ou data scientists.
Conception sur mesure
Nous co-construisons l’outil avec vos utilisateurs finaux.
Développement rapide et itératif
Nous livrons rapidement des versions fonctionnelles.
Déploiement, support et évolutivité
Nous assurons un suivi de qualité et faisons évoluer les outils avec vous.

🌐 Pourquoi choisir Informatics for Bio-Companies comme prestataire bio-informatique ?

– Une équipe spécialisée dans la bio-informatique sur mesure
– Des années d’expérience avec des acteurs exigeants des sciences de la vie
– Une maîtrise des enjeux techniques, réglementaires et scientifiques
– Un développement 100 % personnalisé, adapté à vos équipes et vos données
– Une approche collaborative, orientée résultat

📩 Discutons de votre besoin bio-informatique

Vous recherchez une entreprise bio-informatique fiable et experte ? Vous avez identifié des limites dans vos outils actuels ? Parlons-en.

Contactez-nous pour échanger sur vos projets, vos idées ou simplement vos problématiques métier.

Travailler avec un prestataire en bio-informatique

La bio-informatique joue un rôle central dans la transformation numérique des sciences du vivant. Mais face à la complexité croissante des projets, de nombreuses entreprises, start-ups biotech ou laboratoires font le choix de collaborer avec un prestataire en bio-informatique. Quels sont les avantages ? Comment choisir le bon partenaire ? Voici un guide pratique pour mieux comprendre les enjeux de ce type de collaboration.

🔍 Pourquoi faire appel à une entreprise spécialisée en bio-informatique ?

Faire appel à une entreprise de bio-informatique, c’est accéder à un savoir-faire pointu sans avoir à recruter en interne. Voici les principaux bénéfices :

Accès rapide à des compétences expertes : data science, analyse omique, IA, modélisation, développement d’outils.
Gain de temps : vos équipes peuvent se concentrer sur leur cœur de métier pendant que le prestataire gère les aspects techniques.
Flexibilité : vous dimensionnez la mission selon vos besoins, de quelques jours à plusieurs mois.
Approche sur mesure : chaque projet étant unique, un bon prestataire adapte ses solutions à votre contexte scientifique et technique.
Accélération des projets de R&D : grâce à une meilleure exploitation de vos données, vos décisions sont plus rapides et mieux documentées.

🧬 Dans quels cas faire appel à un prestataire en bio-informatique ?

Voici quelques exemples concrets où l’expertise d’un prestataire bio-informatique fait la différence :

Vous devez analyser un grand volume de données génomiques ou transcriptomiques.
Vous avez besoin de développer un outil logiciel personnalisé (pipeline, interface, ELN, LIMS…).
Vous souhaitez structurer et visualiser vos données expérimentales pour en extraire des tendances.
Vous préparez une preuve de concept ou un prototype logiciel pour une levée de fonds.
Vous devez respecter des contraintes réglementaires ou normatives strictes (traçabilité, reproductibilité, audit…).

✅ Comment bien choisir son prestataire bio-informatique ?

Le bon partenaire ne se choisit pas seulement sur son prix. Voici les critères clés à prendre en compte :

Critère	Pourquoi c’est important
Compétences scientifiques	Pour comprendre votre langage et vos problématiques biologiques
Expérience technique	Pour garantir la robustesse, la scalabilité et la performance
Réactivité et disponibilité	Pour ajuster rapidement en fonction de vos priorités
Capacité à travailler en équipe	Pour une collaboration fluide avec vos biologistes, data scientists, ingénieurs
Conformité réglementaire	Pour anticiper les contraintes RGPD, CFR…
Transparence et communication	Pour vous tenir informé de l’avancement et faciliter les prises de décision

🧠 Notre approche du sur-mesure chez Informatics for Bio-Companies

Chez Informatics for Bio-Companies, nous accompagnons les acteurs des sciences du vivant dans leurs projets bio-informatiques sur mesure, de l’idéation au déploiement. Notre équipe pluridisciplinaire comprend des développeurs, des bio-informaticiens, des UX designers et des spécialistes qualité.

Ce que nous proposons :

Analyse fonctionnelle de vos besoins scientifiques
Conception et développement d’outils adaptés à vos données et vos processus
Intégration avec vos systèmes existants (ELN, LIMS, instruments, cloud…)
Documentation, validation, formation et maintenance

Nous intervenons en collaboration directe avec vos équipes, dans une logique de partenariat et non de simple sous-traitance.

Avec quels types de clients travaillons-nous ?

Nous collaborons avec des structures aux profils variés, issues de l’ensemble du secteur des sciences du vivant. Ces collaborations nous permettent de bien comprendre les contraintes spécifiques de chaque environnement.

Voici quelques exemples de structures avec lesquelles nous travaillons :

Laboratoires académiques et organismes publics : CNRS, INRAE, universités, etc.
Biotechs et medtechs, en phase de recherche ou de pré-industrialisation.
Industries pharmaceutiques, pour la digitalisation de processus internes ou le traitement de données complexes.
CRO (Contract Research Organizations) ou plateformes techniques, qui souhaitent offrir de nouveaux outils à leurs partenaires.
Acteurs de l’agronomie, du végétal ou de l’environnement, pour des problématiques terrain ou de modélisation.

Chaque collaboration est unique, mais elles ont toutes un point commun : un besoin d’outils bio-informatiques concrets, adaptés et rapidement opérationnels.

Quelques exemples de projets menés

Voici des exemples de projets que nous avons réalisés récemment. Vous pouvez également en savoir plus sur la page Nos Services !

🧬 Automatisation de l’analyse de mutations pour des anticorps thérapeutiques

Nous avons développé un outil sur mesure pour une entreprise spécialisée dans la caractérisation des anticorps. Cette solution permet :

L’automatisation de la génération de heatmaps de mutations,
Une sélection rapide des mutations d’intérêt,
La génération automatisée des amorces nécessaires aux expérimentations.

Un outil clé pour accélérer la prise de décision et réduire les erreurs humaines.

📊 Génération automatisée de rapports de résultats pour un laboratoire académique

Nous avons mis en place une plateforme pour un laboratoire public permettant :

La centralisation et le traitement des résultats expérimentaux,
La génération automatique de rapports formatés, prêts à être diffusés ou publiés,
Une meilleure traçabilité des données, tout en allégeant la charge administrative des chercheurs.

Un gain de temps significatif pour les équipes et une meilleure reproductibilité des analyses.

🌾 Outil d’aide à la décision en agronomie

Pour un institut de recherche en environnement/agronomie, nous avons conçu un outil interactif :

Suivi des cultures sur plusieurs parcelles et conditions,
Visualisation dynamique des indicateurs clés,
Recommandations et possibilité de formuler des bilans et préconisations en fonction des conditions environnementales et relevé terrains

Une interface intuitive pour faciliter les choix techniques sur le terrain, et exploiter au mieux les données agronomiques collectées.

💬 Vous cherchez un prestataire bio-informatique pour vos projets ?

Que vous soyez une start-up biotech, un laboratoire académique ou un industriel en santé, cosmétique ou agri-agro, nos solutions s’adaptent à vos contraintes spécifiques.

👉 Parlons-en ! Contactez-nous pour discuter de vos besoins et découvrir comment nous pouvons vous aider à valoriser vos données biologiques grâce à l’informatique.

Open source vs solutions propriétaires en bio-informatique : que choisir ?

Dans un contexte où la bio-informatique s’impose comme un pilier de la recherche en biotechnologie, en génomique ou encore en santé, le choix des outils et des logiciels devient stratégique. Faut-il privilégier les solutions open source pour leur souplesse et leur coût réduit, ou les solutions propriétaires pour leur support et leur conformité ? Ce dilemme technologique mérite un éclairage précis, notamment pour les décideurs en biotech et pharma.

Cet article propose un comparatif équilibré entre les deux approches, en prenant en compte la modularité, les contraintes réglementaires, la pérennité, et l’impact sur la productivité scientifique.

🔓 Open source : flexibilité, communauté et personnalisation

Les outils open source sont au cœur de la bio-informatique moderne. Des logiciels comme Bioconductor, Galaxy, Snakemake ou Nextflow sont utilisés dans des milliers de projets scientifiques à travers le monde.

Avantages :

Liberté d’utilisation et de modification : vous pouvez adapter le code à vos besoins spécifiques.
Coût réduit : potentiellement pas de licence (mais pas toujours le cas !), investissement initial limité.
Communauté active : amélioration continue, partage de workflows, entraide entre utilisateurs.
Interopérabilité : forte capacité à s’intégrer dans des écosystèmes de données hétérogènes.

Inconvénients :

Maintenance interne : l’installation, la mise à jour ou le débogage dépendent souvent de vos équipes.
Documentation inégale : certains projets open source sont très bien documentés, d’autres moins.
Moins de garanties de support : le recours à des prestataires externes peut être nécessaire en cas de bug bloquant.

🔒 Solutions propriétaires : stabilité, support et conformité

Les éditeurs de logiciels bio-informatiques propriétaires proposent des solutions clé en main, souvent très poussées fonctionnellement et prêtes pour les environnements réglementés (GxP, FDA 21 CFR Part 11, etc.).

Avantages :

Support professionnel : hotline, documentation exhaustive, mises à jour régulières.
Conformité réglementaire : validation logicielle, audit trail, gestion des accès, etc.
Interface utilisateur optimisée : expérience utilisateur pensée pour les équipes de R&D.
Pérennité contractuelle : contrat de licence avec engagements de service (SLA).

Inconvénients :

Coût élevé : licences, frais de maintenance, coût d’intégration.
Moins de flexibilité : le code est fermé, les adaptations sont limitées ou nécessitent un surcoût.
Risque de dépendance : dépendance au fournisseur en cas d’évolution stratégique ou de retrait du marché.

🎯 Comment choisir ? 5 critères pour orienter votre décision

Nature de vos projets : si vous travaillez sur des projets exploratoires ou en constante évolution, l’open source permet une plus grande souplesse. Pour des projets soumis à audit ou en phase clinique, les solutions propriétaires sont souvent plus adaptées.
Ressources internes : disposez-vous d’une équipe IT/bioinfo compétente ? Si oui, l’open source peut être facilement internalisé. Sinon, les solutions commerciales réduisent les risques d’erreurs ou de lenteurs.
Contraintes réglementaires : les exigences de traçabilité et de validation logicielle orientent naturellement vers des solutions propriétaires, qui offrent des modules conformes et audités.
Interopérabilité et écosystème : une approche hybride peut aussi être pertinente. Par exemple : Galaxy (open source) + ELN conforme (propriétaire).
Budget et ROI : si le coût initial est un frein, l’open source peut démarrer rapidement. Mais attention au coût caché de la maintenance ou des formations internes.

🧩 Le sur-mesure : combiner les forces, éliminer les contraintes

De plus en plus de structures optent pour le développement sur mesure afin de combiner les avantages de l’open source (modularité, adaptabilité) et ceux du propriétaire (support, conformité). Cette approche permet de bâtir des outils parfaitement adaptés à vos workflows spécifiques, tout en répondant aux exigences réglementaires.

Chez Informatics for Bio-Companies, nous accompagnons les équipes bio-informatiques et R&D dans la conception de solutions logicielles sur mesure, interopérables avec vos outils existants (Galaxy, LIMS, ELN, plateformes d’analyse). L’objectif : vous libérer des contraintes techniques et vous concentrer sur la valeur scientifique.

🧾 Et votre documentation scientifique dans tout ça ?

Quel que soit votre choix technologique, il est essentiel de documenter vos analyses bio-informatiques de manière rigoureuse : paramètres de pipeline, versions de logiciels, résultats intermédiaires, interprétations… Un cahier de laboratoire digitalisé (ELN) est l’outil idéal pour cela.

💡 Olympeis ELN : la brique manquante pour votre infrastructure bioinfo

Chez Informatics for Bio-Companies, nous avons conçu Olympeis, un ELN modulaire et conforme, pensé pour les environnements de recherche exigeants, y compris la bio-informatique.

Olympeis permet :

De centraliser scripts, résultats et commentaires pour chaque analyse
D’assurer la traçabilité complète (audit trail, horodatage, versioning)
D’intégrer facilement des fichiers lourds et résultats multi-omics
De collaborer efficacement entre bioinformaticiens, biologistes et data scientists

Que vous utilisiez Galaxy, Nextflow, ou un LIMS propriétaire, Olympeis s’intègre à votre flux de travail sans friction, tout en renforçant la conformité documentaire.

📩 Envie d’une démo ou d’un échange sur vos outils bio-informatiques ? Parlons-en !